Agents of S.H.I.E.L.D. ha sicuramente avuto una connessione importante con Captain America: The Winter Soldier. Abbiamo visto che non c’è stato un vero e proprio legame con  Avengers 2: Age of Ultron, quindi non ci resta che aspettare quel che ci offrirà l’atteso sequel della saga incentrata su “Cap”, Captain America: Civil War.
Clark Gregg, conosciuto nella serie come  Direttore Phil Coulson, ha risposto al quesito:
“Se avete mai letto uno dei fumetti di Civil War, saprete che lo S.H.I.E.L.D. è una parte importante di un gruppo che cerca di registrare i supereroi, ed è una cosa che divide davvero e crea pressione su alcuni agenti dello S.H.I.E.L.D. – soprattutto quelli che hanno dei legami personali con delle persone che hanno dei poteri – che devono decidere da che parte del conflitto stare. Iron Man e Cap si ritrovano, nei fumetti, sui versanti opposti di questa cosa. Nell’universo cinematografico loro effettuano sempre dei cambiamenti. Penso che, con lo S.H.I.E.L.D. 2.0, si stanno vedendo alcune delle increspature di questi diversi punti di vista su ciò che lo S.H.I.E.L.D. dovrebbe essere una volta ricostruito. Sono molto, molto curioso di sapere da quale parte di quella lotta finirà Coulson.”

Inoltre, lo S.H.I.E.L.D. possiede l’Index, una cosa che tiene traccia di ogni essere con poteri sovrannaturali dell’Universo Cinematografico Marvel, molto simile al Superhuman Registration Act” (Protocollo di Registrazione dei Superumani) presente nel fumetto di Civil War. Possibile quindi che l’Index venga usato nel terzo film di Captain America? O magari, che si “trasformi” direttamente nel database sopra citato? Gregg risponde così: “Se non è quello che lo diventa, sarà certamente una delle note bibliografiche principali, capisci cosa voglio dire? Se Coulson dovesse vedere una cosa che è stata strumentalizzata e usata per tenere traccia della gente dotata di poteri, se vedrà che verrà utilizzata per perseguitare le persone alle quali tiene, allora questo causerà una vera crisi di fede.”